A Fundação Saúde é responsável pelo funcionamento de mais de 50 unidades de saúde do estado, e fez a contratação do laboratório PCS Saleme para a realização dos exames para transplantes. O órgão é investigado por erros em laudos que fizeram com que órgãos contaminados com o vírus HIV fossem liberados para serem transplantados.
O diretor executivo João Ricardo da Silva Pilotto foi nomeado em janeiro de 2016, na primeira passagem do deputado Doutor Luizinho como secretário estadual de Saúde. Além dele, serão trocados os chefes das diretorias administrativa e financeira, recursos humanos, planejamento e gestão, técnico-assistencial e jurídica.